Ένα ευαίσθητο κομμάτι της Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης που μόλις τα τελευταία χρόνια (μετά από υποδείξεις, εντάσεις, ενστάσεις), άρχισε να δίνεται μεγαλύτερη έμφαση από τα Κ.Π.Ε, είναι και το κομμάτι "Ειδική Αγωγή". Το οποίο θέλει ακόμα αρκετή δουλειά, μεγάλη προσπάθεια από πλευράς της Παιδαγωγικής Ομάδας των ΚΠΕ, έτσι ώστε να μπορεί να δεχτεί, να εντάξει, να προσφέρει προγράμματα σε μαθητές με Αναπηρία ή Ειδικές Εκπαιδευτικές Ανάγκες. Η Ειδική Αγωγή, δεν είναι κάτι που "δεν το αγγίζουμε", επειδή δεν το ξέρουμε. Η Ειδική Αγωγή, δεν είναι κάτι διαφορετικό από τη Γενική Παιδεία. Πάντα και σε όλες τις επισκέψεις, οι μαθητές συνοδεύονται τόσο από εκπαιδευτικούς ΕΑΕ (Ειδικής Αγωγής και Εκπαίδευσης με αναλογία 1/3, ένας εκπαιδευτικός, 3 μαθητές, ), όσο και από εξειδικευμένο Ειδικό Εκπαιδευτικό Προσωπικό (Ψυχολόγο, Κοινωνικό Λειτουργό, Εργοθεραπευτή, Νοσηλευτή) και Ειδικό Βοηθητικό Προσωπικό, οι οποίοι μπορούν να διαχειριστούν τυχόν συμπεριφορές μαθητών που η Παιδαγωγική Ομάδα δεν μπορεί να διαχειριστεί.
Η έμφαση, μπορεί να δοθεί σε προγράμματα που μπορούν να σχεδιαστούν σε συνεργασία με τους Εκπαιδευτικούς ΕΑΕ ή να βελτιωθούν τα ήδη υπάρχοντα, πάντα σε συνεννόηση με τους εκπαιδευτικούς.